从安徽阜阳到杭州自驾，可以选择经过南京的路线，也可以选择其他路线。以下是两种路线的简要对比：
1. 经南京路线：
路线：阜阳 宁洛高速 合宁高速 南京 宁杭高速 杭州
优点：南京作为历史文化名城，可以沿途欣赏到古都的风貌，增加旅途的趣味性。
缺点：路程相对较长，大约需要6-7小时。
2. 其他路线：
路线：阜阳 宁洛高速 长深高速 沪杭高速 杭州
优点：路程较短，大约需要5-6小时，节省时间。
缺点：可能无法欣赏到南京等城市的风景。
综合考虑，如果您的时间比较充裕，喜欢沿途欣赏风景，可以选择经过南京的路线。如果您更注重时间，希望尽快到达杭州，可以选择其他路线。当然，您也可以根据个人喜好和实际情况，选择适合自己的路线。在行驶过程中，请注意安全，遵守交通规则。
